از آیین‌نامه داخلی مجمع تشخیص مصلحت نظام مصوب ۳/۸/۱۳۷۶ مجمع و ۵/۹/۱۳۷۶ مقام معظم رهبری ماده ۱‌- مجمع تشخیص مصلحت نظام در اجرای بند (۱) و (۸) اصل یکصد و دهم() و اصل یکصد و دوازدهم() و موارد دیگر مذکور در قانون اساسی و نیز اجرای حکم بیست و هفتم اسفندماه ۱۳۷۵ مقام معظم رهبری، موظف به «تشخیص مصلحت در موارد تعارض میان مصوبه مجلس و نظر شورای نگهبان» می‌باشد و در مقام «تعیین سیاست‌های کلی نظام» و «حل معضلات کشور» و نیز موارد مهمی که «رهبری‌ به آن ارجاع می‌کنند» «باتوجه به مجموع وظایف مقرر در قانون اساسی» به عنوان «هیأت مستشاری عالی رهبری در نظام جمهوری اسلامی ایران»، انجام وظیفه می‌کند و جلسات آن به شرح مواد آتی تشکیل می‌شود. ماده ۲۰- در موارد مربوط به بررسی و حل معضلات نظام (موضوع بند ۸ اصل یکصد و دهم) و تعیین سیاست‌های کلی نظام (موضوع بند۱ اصل یکصد و دهم) و دیگر اموری که رهبری به مجمع ارجاع می‌دهند (قسمت دوم اصل یکصد و دوازدهم) شورای مجمع متشکل خواهد بود از اعضای حقیقی، به اضافه ردیف الف و ج و د از بند ۱ حکم بیست‌ و هفتم اسفندماه()، این جلسات حداقل با حضور دوسوم اعضا رسمیت می‌یابند و تصمیمات در موارد مربوط به معضلات و مسایل دیگر به‌ اکثریت مطلق اعضای حاضر معتبر خواهند بود. در مواردی که اکثریت آرا حاصل نشود، نظرهای اعلام شده همراه با تعداد آرا در صورتجلسه درج می‌شود و به استحضار مقام معظم رهبری می‌رسد. ماده ۲۶ - درخصوص معضلات نظام و سایر اموری که از طرف مقام معظم رهبری به مجمع ارجاع می‌شود و یا تعیین سیاست‌های کلی نظام نتیجه بحث و بررسی مجمع به صورت گزارش کامل به استحضار معظم‌له می‌رسد و پس از تأیید و براساس تدبیر معظم‌له به مراجع مسؤول ذی‌ربط ابلاغ خواهد شد. مجمع به طور موردی و یا هرچندگاه یک‌بار فهرستی از موارد مربوط به سیاست‌های کلی نظام را که قابل بحث در مجمع‌، تشخیص می‌دهد تنظیم می‌کند و پس از تأیید مقام معظم رهبری برای بررسی در دستور مجمع قرار می‌دهد. ماده ۲۷ - هنگام طرح هریک از مباحث مربوط به تعارض میان مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان و همچنین معضلات و اموری که برای مشورت از طرف مقام معظم رهبری به مجمع ارجاع می‌شود و مسایل مربوط به سیاست‌های کلی نظام ترتیب مذاکرات به شرح زیر خواهد بود:‌‌ الف – در مورد تعارض میان مجلس شورای‌ اسلامی و شورای نگهبان پس از طرح و توضیح مسأله‌، یکی از اعضای شورای نگهبان و سپس رییس کمیسیون مربوط در مجلس و آن‌گاه وزیر یا رییس دستگاهی که موضوع مورد بحث به دستگاه وی مربوط می‌شود، توضیح لازم را خواهد داد. آنگاه دو موافق و دو مخالف اظهارنظر خواهندکرد و سپس رأی‌گیری به عمل خواهد آمد. ب – در مورد معضل که از سوی مقام معظم رهبری ارجاع می‌شود پس از طرح و توضیح مسأله، وزیر یا رییس دستگاه مربوط که معضل را مطرح کرده است، توضیح خواهد داد و سپس دو موافق و دو مخالف اظهارنظر خواهند کرد و آنگاه رأی‌گیری به‌عمل خواهد آمد. پ – در مورد سیاست‌های کلی نظام و مواردی که برای مشورت از طرف مقام معظم رهبری ارجاع می‌شود، پس از طرح و توضیح مسأله و اظهارنظر دو موافق و دو مخالف رأی‌گیری به عمل خواهد آمد. تبصره ۱- در هر سه حالت چنانچه پس از توضیحات، گزارش مطرح شده مخالف نداشته باشد، موافق یا موافقان به تشخیص رییس جلسه می‌توانند اظهارنظر کنند. همچنین در صورتی که به تشخیص رییس جلسه اظهارنظر بیش از دو موافق و دو مخالف ضرورت داشته باشد، مذاکرات تا اعلام کفایت آن از طرف رییس ادامه می‌یابد. ماده ۳۰ - تصمیمات مجمع توسط دبیرخانه تنظیم و تدوین می‌شود و پس از ملاحظه و تأیید رییس مجمع به شرح زیر درخصوص آنها اقدام می‌شود.‌ ۱- مصوبات مربوط به تشخیص مصلحت در موارد اختلاف بین مجلس و شورای نگهبان، به صورت ماده واحده و یا مواد و تبصره تنظیم و با امضای رییس مجمع به ریاست مجلس شورای اسلامی ابلاغ می‌شود.‌ ۲- مصوبات مربوط به حل معضلات به صورت ماده واحده و یا مواد و تبصره تدوین و تنظیم می‌شوند. نتایج تبادل نظرها و رأی نهایی مجمع دراین موارد به محضر مقام معظم رهبری گزارش تا برای چگونگی ابلاغ آن برای اقدام یا اطلاع تصمیم‌گیری شود و به مجمع اعلام گردد. ۳- مسایل مربوط به تعیین سیاست‌های کلی و امور مهمی که از طرف مقام معظم رهبری به مجمع ارجاع می‌شوند، به صورت گزارش کامل، همراه با چکیده آن و نیز نظر مشورتی نهایی مجمع، تنظیم و با امضای رییس مجمع برای استحضار مقام معظم رهبری فرستاده می‌شود و سپس براساس نظر معظم‌له اقدام بعدی صورت می‌گیرد. ماده ۳۱ - به منظور تنظیم کار کمیسیون‌های دائمی و کمیسیون‌های خاص و برقراری ارتباط با دستگاه‌های مسؤول دولتی و نهادها و مؤسسات عمومی غیردولتی و استفاده کامل از فرآورده‌های کارشناسی آنها و نیز ارتباط مستمر با شوراهای مشورتی و نظارت بر کارهای اداری و کارشناسی کمیسیون‌ها و ایجاد گنجینه اطلاعات کارآمد از مطالعات و تحقیقات و گزارش‌های مهم کارشناسی مربوط به مسایل ایران و جهان و همچنین نظارت بر حسن اجرای سیاست‌های کلی که به تأیید مقام معظم رهبری رسیده است و پیگیری آنها و نیز ابلاغ مصوبات و تصمیم‌ها و تدوین صورت مشروح مذاکرات و دیگر امور اداری و اجرایی مجمع، دبیرخانه مجمع تشخیص مصلحت نظام تشکیل می‌شود. مسؤولیت دبیرخانه با دبیر مجمع است که ریاست دبیرخانه را به عهده خواهد داشت‌. () ماده ۳۴ - دبیر مجمع برای اداره امور دبیرخانه و نیز کمیسیون‌ها و نظارت و پیگیری تصمیم‌ها و سیاست‌های مورد تأیید مقام معظم رهبری و هم چنین دیگر امور اداری و مالی مجمع، تشکیلات لازم را تدوین می‌کند این تشکیلات باید به تأیید ریاست مجمع برسد.() ()