انواع صندوق‌های محیط‌زیست معمولاً بر اساس ماهیت و کارکرد سه نوع صندوق محیط‌زیستی در جهان وجود دارد: الف) صندوق تخصیص مالیات: این صندوق‌ها عموماً توسط دولت‌ها تأسیس و از محل وجوه مالیات‌های زیست‌محیطی()، جرایم آلودگی()، هزینه‌های حاصل از عوارض بر محصولات()، هزینه‌های استفاده از محیط‌زیست به‌صورت عوارض تأمین می‌شوند. این صندوق‌ها، تأمین منابع مالی فعالیت‌ها بهسازی محیط‌زیست، تخصیص وام‌های ارزان به صنایع و فعالیت‌ها آلوده‌کننده و کمک‌های بلاعوض جهت مقابله با محیط‌زیست را برعهده دارند. عموماً چنین صندوق‌هایی به‌عنوان بخشی از تشکیلات وزارت محیط‌زیست کشورها یا تحت وزارتخانه‌های مرتبط با محیط‌زیست فعالیت می‌کنند. این صندوق‌ها وصول مالیات و عوارض را تسهیل کرده و می‌توانند و نقش مؤثری در تجمیع مالیات‌ها و عوارض©۱۵۵© زیست‌محیطی دارند. ب) صندوق‌های اعتباری اداره شده (هدایت شده)(): این صندوق‌ها با هدف واسطه‌گری و عامل مالی به‌وسیله سازمان‌های بین‌المللی مانند بانک جهانی یا توسط حکومت‌های ملی تأسیس می‌شوند. صندوق‌های مذکور به‌منظور تأمین مالی بنگاه‌های تجاری کوچک و پروژه‌های مربوط به شهرداری‌ها تأسیس می‌شوند و از تأمین مالی مستقیم طرح‌ها اجتناب می‌کنند. تجربه تأسیس این صندوق‌ها نشان داده است که این صندوق به ندرت باعث تغییرات و بهسازی‌های کلان محیط‌زیستی می‌شوند. بانک جهانی در چند کشور از جمله چین و روسیه چنین صندوق‌هایی را تأسیس کرده است. ج) صندوق سبز صندوق‌های سبز عمدتاً از طریق تشکل‌های محیط‌زیستی مردم نهاد (NGOs)() تشکیل شده و منابع مالی آن نیز از طریق اعضا و علاقمندان به محیط‌زیست تأسیس می‌شود. ماهیت و کارکرد این صندوق‌ها به گونه‌ای است که عمدتاً برای تأمین منابع مالی حفاظت از پارک‌های ملی، فعالیت‌ها حفاظت از تنوع زیستی، یا پروژه‌های مشابه مورد استفاده قرار می‌گیرند. در برخی موارد درآمدهای حاضل از گردشگری طبیعی نیز توسط این صندوق‌ها جذب شده و منابع حاصل از آنها برای حفاظت از مناطق طبیعی مورد استفاده قرار می‌گیرد. در تقسیم‌بندی دیگر نیز صندوق‌ها را از منظر دولتی بودن یا غیردولتی بودن در سه گروه طبقه‌بندی می‌کنند: یک) صندوق‌های ملی محیط‌زیست: بخش اعظم منابع مالی این صندوق‌ها را دولت تأمین می‌کند. آنها از طیف گسترده‌‌ای از فعالیت‌ها زیست‌محیطی حمایت کرده و دامنه فعالیت‌ها آنها بسیار گسترده است و در بیشتر کشورهای جهان فعال هستند. دو) صندوق‌های حفاظت از محیط‌زیست و منابع طبیعی: این صندوق‌ها بیشتر برای حفاظت از منابع طبیعی و مناطق تحت حفاظت به‌ویژه در کشورهای در حال توسعه تأسیس می‌شوند. یکی از سازوکارهای تأمین منابع مالی این صندوق‌ها «روش قرض برای معامله با طبیعت()» که از سال ۱۹۸۰ توسعه‌یافته است. این روش تمایل کشورهای توسعه‌یافته را برای کمک به کشورهای فقیر (در حال توسعه) جهت حفاظت از منابع محیط‌زیستی منحصر به‌فرد یا منابع طبیعی در معرض تهدید، نشان می‌دهد. بر اساس این معاوضه، یک سازمان یا گروه ذی‌نفع خارجی، بخشی از بدهی‌های ملی کشور فقیر را خریداری می‌کند (معمولاً این کار از طریق بانک‌های خصوصی صورت می‌گیرد). در مرحله بعد توافق می‌شود کشور متعهد به جای پرداخت بدهی، نگهداری و حفاظت از یک منطقه حفاظت شده یا پارک ملی را به سازمان خارجی واگذار نماید. مبلغی معادل بدهی خریداری شده در حساب یا صندوق خاص (معمولاً با ارز محلی) نگهداری می‌شود تا جهت حفاظت و مدیریت مناطق حفاظت شده و تأمین منافع تنوع زیستی مورد استفاده قرار گیرد. چنین سازوکاری در بسیاری از کشورهای واقع در مناطق استوایی در امریکای جنوبی از جمله کشور کاستاریکا مورد استفاده قرار می‌گیرد. سه) صندوق حمایت از سازمان غیردولتی حامی محیط‌زیست: این صندوق‌ها بیشتر با هدف حمایت و پشتیبانی از سازمان‌های غیردولتی مردم نهاد و جوامع محلی برای اجرای پروژه‌های حفاظت از محیط‌زیست و توسعه پایدار تشکیل می‌شوند. مهمترین هدف احداث این صندوق‌ها تقویت و توانمندسازی جوامع مدنی برای حفاظت از محیط‌زیست است. ساختار قانونی این صندوق‌ها بسته به ویژگی‌های اقتصادی، اجتماعی و سیاسی و قواعد حاکم بر هر کشور متفاوت است و عمدتاً به‌صورت بنیادها فعالیت می‌کنند. منابع مالی این صندوق‌ها عمدتاً از مالیات‌ها یا کمک‌های داوطلبانه اعضا و سایر کمک‌های داوطلبانه تأمین می‌شود. در برخی از کشورها نیز دولت‌ها به این صندوق‌ها کمک می‌کنند و در برخی از کشورها نیز از طریق کمک‌های بین‌المللی منابع مالی لازم این صندوق‌ها تأمین می‌شود.